La iglesia y el convento de San Francisco de Asís es el escenario actual de las tradiciones culturales más ricas. Este es uno de los complejos de convento e iglesia más extraordinarios de la época colonial. La construcción del conjunto actual data de 1738, y reemplazó a una más modesta que se completó en 1591. Después de una restauración en los años noventa, el grupo arquitectónico ha albergado, también, una sala de conciertos y los museos de Arte Santo, Sagrado y Religioso. El elemento más significativo de la Iglesia es la Torre de 42 metros de altura, la segunda en altura en la época colonial.

Esta plaza data de la primera mitad del siglo XVII. Su ubicación, a solo unos metros de la bahía, la llevó a convertirse en una importante plaza comercial a lo largo de los años. Se dice que alrededor del año 1600 se podía ver la primera fuente de la ciudad en esta plaza. En 1836 fue reemplazado por una hermosa fuente hecha de mármol blanco de Carrara por Giuseppe Gaggini, bajo los buenos auspicios del Conde de Villanueva. Esta fuente se llama Fuente de los Leones. En su área pavimentada destacan dos edificios dignos de mención: el Monasterio y la Basílica de San Francisco de Asís, que hoy alberga el Museo de Arte Religioso y una sala de conciertos. Es también donde se encuentra la Lonja del Comercio, inspirada en la arquitectura renacentista española y coronada por una cúpula en la que se alza una escultura del dios Mercurio. Entre las casas construidas alrededor de la plaza, se erigió la casa de la familia Arostegui, residencia de los Capitanes Generales hasta que se culminó el Ayuntamiento a finales del siglo XVIII.

El Palacio del Segundo Cabo se encuentra en el lado norte de la Plaza de Armas, La Habana Vieja. Este majestuoso palacio es de estilo neoclásico y fue construido en 1772 con piedra caliza local llena de agujeros e incrustaciones marinas calcáreas. Este edificio se construyó primero como sede del vicegobernador español. Actualmente, y luego de varias remodelaciones durante las cuales funcionó como Correos, Palacio del Senado, Corte Suprema, Academia Nacional de Artes y Letras, o la Academia de Ciencias de Cuba, actualmente pertenece al Ministerio de Cultura de Cuba y alberga el Centro para la Interpretación de las Relaciones Cuba-Europa.

El Museo Alejandro de Humboldt está ubicado en una casa colonial en la Plaza de San Francisco de Asís, en la Habana Vieja. Su nombre proviene del científico alemán Alejandro von Humboldt, quien es considerado como la segunda persona en descubrir Cuba. Este es un museo científico dedicado a la biología y su principal objetivo es preservar la investigación y promover el legado histórico de Humboldt. Esta institución potencia el trabajo de personalidades cubanas e internacionales cuyas contribuciones se consideran relevantes para el desarrollo de la cultura en términos generales. Muestra la trayectoria histórica de los datos científicos y botánicos que recopiló por toda la isla a principios del siglo XIX, así como una exposición botánica que está compuesta fundamentalmente de helechos. En este museo hay una copia perfecta de un esqueleto de Kritosaurus encontrado en el desierto y donado por el gobierno mexicano, así como un enorme esqueleto de Pterosaurio, que tiene alrededor de 10 metros de longitud. La casa también tiene una sala de conferencias con capacidad para 100 personas y una biblioteca especializada en literatura alemana.