El Museo de Arte Colonial se encuentra dentro de las construcciones más antiguas de la Habana Vieja, el Palacio de los Condes de Casa Bayona, una mansión reconstruida en 1720 por el gobernador cubano, Don Luis Chachón. En esta construcción se destacan el patio clásico y los techos trabajados en madera. El palacio cuenta con una ubicación maravillosa, justo enfrente de la catedral de San Cristóbal de La Habana. Este pequeño museo cuenta con una exposición de muebles coloniales y arte decorativo, entre los que se destacan algunos objetos de cerámica con motivos coloniales de Cuba, así como varias escenas de comedores coloniales y una fantástica colección de flores ornamentales.

El Convento de Santa Clara (Convento de Santa Clara) está ubicado al sur de la Plaza Vieja de La Habana. Este es el convento más grande y antiguo de toda Cuba, construido entre 1638 y 1643, y es un buen ejemplo de la arquitectura influenciada por España. En realidad, fue el primer convento femenino de la ciudad. El templo dejó de prestar servicios con fines religiosos en 1920, y durante algún tiempo estuvo en el Ministerio de Obras Públicas. Actualmente es parte del equipo de restauración de La Habana Vieja. Se recomienda visitar el patio interior de estilo colonial, donde se encontró la primera fuente pública de la ciudad; el claustro, las celdas de las monjas y el pequeño cementerio.

El Templete, una pequeña edificación de estilo neoclásico, fue construido en la segunda mitad del siglo XVIII. Se encuentra en la Plaza de Armas. Este fue el lugar donde se celebró la primera misa pública y también el sitio del primer ayuntamiento de la naciente ciudad de San Cristóbal de La Habana. El Templete se asemeja a un templo dórico y alberga tres lienzos conmemorativos del famoso pintor francés Juan Bautista Vermey. Una de las paredes exhibe el plato que declara a La Habana Vieja Patrimonio de la Humanidad.

El Museo Alejandro de Humboldt está ubicado en una casa colonial en la Plaza de San Francisco de Asís, en la Habana Vieja. Su nombre proviene del científico alemán Alejandro von Humboldt, quien es considerado como la segunda persona en descubrir Cuba. Este es un museo científico dedicado a la biología y su principal objetivo es preservar la investigación y promover el legado histórico de Humboldt. Esta institución potencia el trabajo de personalidades cubanas e internacionales cuyas contribuciones se consideran relevantes para el desarrollo de la cultura en términos generales. Muestra la trayectoria histórica de los datos científicos y botánicos que recopiló por toda la isla a principios del siglo XIX, así como una exposición botánica que está compuesta fundamentalmente de helechos. En este museo hay una copia perfecta de un esqueleto de Kritosaurus encontrado en el desierto y donado por el gobierno mexicano, así como un enorme esqueleto de Pterosaurio, que tiene alrededor de 10 metros de longitud. La casa también tiene una sala de conferencias con capacidad para 100 personas y una biblioteca especializada en literatura alemana.