El museo de la Lucha Clandestina se encuentra en la escalera de Padre Pico. Este excelente museo, en una de las mejores casas coloniales de la ciudad, se centra en las actividades del movimiento de resistencia local, liderado por el mártir Frank País. Los residentes de Santiago jugaron un papel decisivo en el apoyo a la Revolución, al igual que los campesinos de la Sierra Maestra. Desde el balcón del museo, hay tremendas vistas de Santiago y la bahía.

Este museo está ubicado en el antiguo Cuartel Moncada, una fortificación militar que fue atacada el 26 de julio de 1953 por un grupo de jóvenes revolucionarios liderados por Fidel Castro Ruz. Moncada fue el segundo fuerte militar del país, ocupado por cerca de mil hombres bajo el mando de Fulgencio Batista. Desafortunadamente, los rebeldes fueron asesinados o capturados. Aunque no tuvo éxito, el ataque encendió la chispa de la Revolución Cubana. Fidel escribió su famoso discurso "La historia me absolverá", que fue sacado clandestinamente de la cárcel, impreso y distribuido por toda la isla. Este evento comenzó la etapa final de la lucha por la libertad del país. Después de la victoria de la revolución, el Cuartel Moncada se transformó en una escuela y se dedicó un espacio al Museo. El museo exhibe algunas de las pertenencias personales de los revolucionarios, algunas de las armas utilizadas y fotografías del evento histórico, así como una valiosa colección de monedas.

El museo más antiguo de Cuba fue fundado en 1899 por Emilio Bacardí Moreau, el ex alcalde de Santiago cuya familia ronera huyó a Puerto Rico después de la Revolución. Está a solo unos metros del Parque Céspedes, en el corazón de la ciudad. El museo tiene una excelente colección de arte cubano, así como algunas obras europeas, algunos artículos de las guerras de la independencia y un salón arqueológico que presenta una momia egipcia de 3.000 años de antigüedad, dos esqueletos peruanos y una cabeza reducida. Alberga la galería de pintura más importante de Cuba, que exhibe una colección envidiable de pintura colonial que data de dos siglos antigüedad.

La fortaleza española conocida como El Morro, al sur de Santiago, fue construida entre 1638 y 1700 y diseñada por Giovanni Antonelli, el arquitecto e ingeniero italiano responsable de las fortalezas que llevan el mismo nombre tanto en La Habana como en San Juan, Puerto Rico. El Morro fue construido para protegerse de los piratas (y reconstruido después del ataque de 1662 por el pirata inglés Henry Morgan). Hoy en día, sus sólidos muros albergan el Museo de la Piratería, sus salas también reflejan los principales eventos relacionados con la batalla naval de Santiago de Cuba, el episodio del hispano-cubano-estadounidense en 1898 y las fotografías relacionadas con los eventos de Maine, los españoles y Líderes militares estadounidenses, el almirante Pascual Cervera y el vicealmirante Sampson y planes y defensas costeras y baterías de El Morro. Hay maravillosas vistas desde las habitaciones interiores, que tienen pisos de madera y paredes de piedra, así como desde varias terrazas.