O Museu Alejandro de Humboldt está localizado em uma casa colonial na Praça de São Francisco de Assis, em Havana Velha. Seu nome vem do cientista alemão Alexander von Humboldt, considerado o segundo a descobrir Cuba. Este é um museu científico dedicado à biologia e seu objetivo principal é preservar a pesquisa e promover o legado histórico de Humboldt. Esta instituição promove o trabalho de personalidades cubanas e internacionais cujas contribuições são consideradas relevantes para o desenvolvimento da cultura em termos gerais. Ele mostra a trajetória histórica dos dados científicos e botânicos que coletou em toda a ilha no início do século XIX, bem como uma exposição botânica composta principalmente de samambaias. Neste museu há uma cópia perfeita de um esqueleto de Kritosaurus encontrado no deserto e doado pelo governo mexicano, bem como um enorme esqueleto de pterossauro, que tem cerca de 10 metros de comprimento. A casa também tem uma sala de conferências com capacidade para 100 pessoas e uma biblioteca especializada em literatura alemã.

A Plaza de Armas rodeia uma estátua do patriota de Céspedes e é cercada por bancos de mármore sombreados e bancas de livros de segunda mão. Esta praça, fundada em 1519, foi o primeiro espaço aberto da cidade, em torno do qual se localizavam as instituições políticas, militares, religiosas e civis mais importantes. Os palácios que a cercaram durante o século XVIII são expoentes da arquitetura barroca cubana. No lado leste da praça, um pequeno templo neoclássico, El Templete, marca o local onde a primeira missa católica foi celebrada em 1519. Ao lado fica um dos hotéis mais luxuosos da cidade, o Hotel Santa Isabel. Ao norte, o Castillo de la Real Fuerza é um dos mais antigos fortes da América.

O Museu de Arte Colonial está localizado dentro dos edifícios mais antigos da Velha Havana, o Palácio dos Condes da Casa Bayona, uma mansão reconstruída em 1720 pelo governador cubano Don Luis Chachón. Nesta construção destacam-se o pátio clássico e os tectos trabalhados em madeira. O palácio tem uma localização maravilhosa, mesmo em frente à catedral de San Cristóbal de La Habana. Este pequeno museu tem uma exposição de mobiliário colonial e arte decorativa, entre os quais alguns objetos de cerâmica com motivos coloniais de Cuba, bem como várias cenas de salas de jantar coloniais e uma fantástica colecção de flores ornamentais.

A poucos passos da Plaza del Cristo até a Rua Brasil, encontra-se o Museu da Farmácia Habanera de 1886. Fundada pelo catalão José Sarrá, é uma loja-museu e hoje ainda funciona como farmácia. O museu mostra a história das farmácias em Havana e sua evolução em Cuba. Esta farmácia preserva seu mobiliário neo-gótico original com influências mouriscas e abriga uma grande coleção de kits médicos e ferramentas, extraídos de escavações arqueológicas na cidade, bem como uma coleção de livros com receitas valiosas para o estudo da farmacopéia cubana. O museu também exibe um modelo elegante de uma antiga farmácia com explicações históricas fascinantes.