Esta plaza data de la primera mitad del siglo XVII. Su ubicación, a solo unos metros de la bahía, la llevó a convertirse en una importante plaza comercial a lo largo de los años. Se dice que alrededor del año 1600 se podía ver la primera fuente de la ciudad en esta plaza. En 1836 fue reemplazado por una hermosa fuente hecha de mármol blanco de Carrara por Giuseppe Gaggini, bajo los buenos auspicios del Conde de Villanueva. Esta fuente se llama Fuente de los Leones. En su área pavimentada destacan dos edificios dignos de mención: el Monasterio y la Basílica de San Francisco de Asís, que hoy alberga el Museo de Arte Religioso y una sala de conciertos. Es también donde se encuentra la Lonja del Comercio, inspirada en la arquitectura renacentista española y coronada por una cúpula en la que se alza una escultura del dios Mercurio. Entre las casas construidas alrededor de la plaza, se erigió la casa de la familia Arostegui, residencia de los Capitanes Generales hasta que se culminó el Ayuntamiento a finales del siglo XVIII.

El Museo Alejandro de Humboldt está ubicado en una casa colonial en la Plaza de San Francisco de Asís, en la Habana Vieja. Su nombre proviene del científico alemán Alejandro von Humboldt, quien es considerado como la segunda persona en descubrir Cuba. Este es un museo científico dedicado a la biología y su principal objetivo es preservar la investigación y promover el legado histórico de Humboldt. Esta institución potencia el trabajo de personalidades cubanas e internacionales cuyas contribuciones se consideran relevantes para el desarrollo de la cultura en términos generales. Muestra la trayectoria histórica de los datos científicos y botánicos que recopiló por toda la isla a principios del siglo XIX, así como una exposición botánica que está compuesta fundamentalmente de helechos. En este museo hay una copia perfecta de un esqueleto de Kritosaurus encontrado en el desierto y donado por el gobierno mexicano, así como un enorme esqueleto de Pterosaurio, que tiene alrededor de 10 metros de longitud. La casa también tiene una sala de conferencias con capacidad para 100 personas y una biblioteca especializada en literatura alemana.

El Museo Maqueta de La Habana Vieja alberga una maqueta a escala 1: 500 de La Habana Vieja, uno de los modelos más importantes de toda Cuba, y está considerado como un lugar de gran interés, conocimiento y entretenimiento por parte de sus habitantes. Se actualiza continuamente y es bastante impresionante debido al detalle increíble en lo que respecta a algunos de los edificios más importantes de la Habana Vieja. Este es uno de los museos imprescindibles de la Habana Vieja, ya que le permite imaginarse cómo es el centro histórico de La Habana en su conjunto y, por lo tanto, poder verlo mejor al caminar por sus calles.

Actualmente sede de la Oficina del Historiador de La Habana, el palacio fue construido en 1776 y ha recibido varias funciones: residencia oficial de los gobernadores españoles de la isla desde 1781 hasta 1899 y de la presidencia de la República desde 1902 hasta 1920. El Museo de la Ciudad actualmente ocupa parte de los suntuosos salones con una exposición permanente artes e historia de la época colonial y de principios del siglo XX. El museo exhibe tesoros valiosos como: la primera bandera cubana, los efectos personales de los héroes de Cuba: José Martí, Máximo Gómez y Antonio Maceo, junto con una invaluable colección de muebles coloniales, carruajes y otras obras de arte.