O Museu Alejandro de Humboldt está localizado em uma casa colonial na Praça de São Francisco de Assis, em Havana Velha. Seu nome vem do cientista alemão Alexander von Humboldt, considerado o segundo a descobrir Cuba. Este é um museu científico dedicado à biologia e seu objetivo principal é preservar a pesquisa e promover o legado histórico de Humboldt. Esta instituição promove o trabalho de personalidades cubanas e internacionais cujas contribuições são consideradas relevantes para o desenvolvimento da cultura em termos gerais. Ele mostra a trajetória histórica dos dados científicos e botânicos que coletou em toda a ilha no início do século XIX, bem como uma exposição botânica composta principalmente de samambaias. Neste museu há uma cópia perfeita de um esqueleto de Kritosaurus encontrado no deserto e doado pelo governo mexicano, bem como um enorme esqueleto de pterossauro, que tem cerca de 10 metros de comprimento. A casa também tem uma sala de conferências com capacidade para 100 pessoas e uma biblioteca especializada em literatura alemã.

El Templete, um pequeno edifício neoclássico, foi construído na segunda metade do século XVIII. Está localizado na Plaza de Armas. Este foi o local onde a primeira missa pública foi celebrada e também o local da primeira prefeitura da nascente cidade de San Cristóbal de La Habana. O Templete se assemelha a um templo dórico e abriga três telas comemorativas do famoso pintor francês Juan Bautista Vermey. Uma das paredes exibe o prato que declara a Velha Havana como Patrimônio da Humanidade.

O Museu do Tabaco está localizado dentro de um edifício do século 18 que pertenceu à família Bartolomé Luque, na rua Mercaderes, Havana Velha. Este museu é dedicado à preservação e exposição de coleções relacionadas com as plantações, produção e comercialização do tabaco cubano. Exibe uma grande coleção de tubos, folhas e outros itens relacionados, bem como uma coleção de pedras litográficas e máquinas de importantes empresas de charutos. O museu tem uma pequena loja onde você pode obter diferentes charutos e artigos para fumantes.

A poucos passos da Plaza del Cristo até a Rua Brasil, encontra-se o Museu da Farmácia Habanera de 1886. Fundada pelo catalão José Sarrá, é uma loja-museu e hoje ainda funciona como farmácia. O museu mostra a história das farmácias em Havana e sua evolução em Cuba. Esta farmácia preserva seu mobiliário neo-gótico original com influências mouriscas e abriga uma grande coleção de kits médicos e ferramentas, extraídos de escavações arqueológicas na cidade, bem como uma coleção de livros com receitas valiosas para o estudo da farmacopéia cubana. O museu também exibe um modelo elegante de uma antiga farmácia com explicações históricas fascinantes.